Для работы была выбрана структура 2dob. При стандартных параметрах (порог расстояния - 5.4 Å, порог количества атомов в кластере - 3) сервис CluD находит 4 кластера из 105, 6 атомов и два из 3 атомов (Рис.1).
| |
| Рис.1. Гидрофобные кластеры в белке 2dob при стандартных параметрах CluD |
Поскольку маленькие кластеры в данном случае вряд ли имеет какой-либо биологический смыл, порог количества атомов был увеличен до 15, порог расстояния - до 4.8. В результате остался один кластер из 102 атомов (Рис.2).
 |
| Рис.2. Гидрофобные кластеры в белке 2dob (порог расстояния 4.8, порог количества атомов 15) |
С другой стороны, маленькие кластеры расположены достаточно близко к основному, поэтому если увеличить порог расстояния до 6.5, они сольются в один (Рис.3).
 |
| Рис.3. Гидрофобные кластеры в белке 2dob (порог расстояния 6.5, порог количества атомов 15) |
Согласно blast'у в белке всего один функциональный домен, что подтверждается анализом гидрофобных кластеров
Для работы была выбрана структура 1w0t. Всего было найдено 6 кластеров, из них два на границе между белком и ДНК, почему-то только в одной субъединице, хотя они симметричные. Предположительно, эти кластеры необходимы для взаимодействия белка с ДНК.
 |
| Рис.4. Гидрофобные кластеры в структуре 1w0t при стандартных парметрах |